Bioinformatik und Biochemie

Bioinformatik-Tools

Diese Liste von molbiol-tools.ca führt eine Vielzahl nützlicher Bioinformatik-Tools auf.

Es wirkt eher älter, aber ist von der Leistung und Anpassungsfähigkeit her immer noch top: Biopython. Eine Stärke ist das einfache Einbinden von externen Tools, z.B. dem Download von Genomdatenbanken oder dem Erstellen von MSA.

Mit ClustalOmega lassen sich multiple sequence alignments (MSA) von DNA- oder Proteinsequenzen machen.

Bei BLAST von NCBI kann man eine Sequenz eingeben und erhält dann die ähnlichsten Gene oder Proteine aus der umfangreichen Datenbank.

Das translate-Tool von ExPASy übersetzt DNA- oder RNA-Sequenzen in Proteinsequenzen.

Bei harvard.edu gibt es ein Tool, mit dem man das reverse und/oder complement einer DNA-Sequenz berechnen kann.

Was keine Zelle kann, geht bei bioinformatics.org: Backtranslate von Proteinsequenz zu DNA-Sequenz.

Snapgene ist ein professionelles Programm zur Arbeit mit Plasmiden und Genen. Selbst die Gratis-Version bietet eine Vielzahl an Möglichkeiten und Visualisierungen.

Datenbanken

NCBI ist eine äusserst umfangreiche Website mit Tools und Datenbanken zu DNA-, Protein-, und Genomsequenzen.

Die zahlreichen 3D-Modelle biologischer Moleküle bei Biotopics enthalten Beschreibungen mit Links, mit denen sich Details im Modell hervorheben lassen.

Die äusserst umfangreiche 3D-Proteindatenbank RCSB enthält nicht nur Informationen, sondern auch 3D-Darstellungen (Tipp: Einstellungen bei Style und Color erlauben rasche Analyse)

UniProt ist eine umfangreiche Sammlung von Proteinsequenzen und -informationen.

Stammbäume erstellen

Ziemlich einfach funktioniert die Treeview-Website zur Baum-Darstellung aus newick- oder alignment-Daten.

Die MABL-Website bietet einen einfachen Zugang zu Sequence Alignments und dem Erstellen von Bäumen.

Phylondendron schaut zwar altbacken aus, erstellt aber phylogenetische Bäume auf vielfältige Weise aus newick-Dateien.

Für ein Darstellungsprogramm für Bäume aussergewöhnlich, funktioniert icyTree als Website und mit drag&drop.

Biochemie

Beim der LabBench Activity von Pearson kann man die Diffusion und Osmose lernen, inkl. kleiner Animationen und einem Abschlusstest.

Die legendären Poster der Biochemical Pathways sind nun bei Roche online.

Ein sehr schöne Animation der ATP Synthase als animated gif bei GIPHY.

Moleküle zeichnen

Bei ChemDoodle kann man gratis und einfach kleine Moleküle zeichnen, wobei Aminosäuren als Templates eingebunden werden können.

Bei PepDraw kann man eine Polypeptidseqenz eingeben, welche dann chemisch gezeichnet wird.

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