Bioinformatik

Bioinformatik-Tools

Diese Liste von molbiol-tools.ca führt eine Vielzahl nützlicher Bioinformatik-Tools auf.

Googles AlphaFold kann aus einer Aminosäuren-Sequenz die 3D-Struktur eines Proteins berechnen – das war lange unmöglich zu berechnen und nur durch aufwändige Experimente für jedes einzelne Protein herauszufinden.

Es wirkt eher älter, aber ist von der Leistung und Anpassungsfähigkeit her immer noch top: Biopython. Eine Stärke ist das einfache Einbinden von externen Tools, z.B. dem Download von Genomdatenbanken oder dem Erstellen von MSA.

Mit ClustalOmega lassen sich multiple sequence alignments (MSA) von DNA- oder Proteinsequenzen machen. Die Resultate werden übersichtlich als MSA und als Baum dargestellt.

Snapgene ist ein professionelles Programm zur Arbeit mit Plasmiden und Genen. Selbst die Gratis-Version bietet eine Vielzahl an Möglichkeiten und Visualisierungen.

Einfache Sequenz-Tools

Wer rasch ein Stück zufällige DNA benötigt, kann dies auf dieser kleinen Website tun.

Bei harvard.edu gibt es ein Tool, mit dem man das reverse und/oder complement einer DNA-Sequenz berechnen kann.

Das translate-Tool von ExPASy übersetzt DNA- oder RNA-Sequenzen in Proteinsequenzen.

Was keine Zelle kann, geht bei bioinformatics.org: Backtranslate von Proteinsequenz zu DNA-Sequenz.

Datenbanken

Bei BLAST von NCBI kann man eine Sequenz eingeben und erhält dann die ähnlichsten Gene oder Proteine aus der umfangreichen Datenbank.

NCBI ist eine äusserst umfangreiche Website mit Tools und Datenbanken zu DNA-, Protein-, und Genomsequenzen.

Die zahlreichen 3D-Modelle biologischer Moleküle bei Biotopics enthalten Beschreibungen mit Links, mit denen sich Details im Modell hervorheben lassen.

Die äusserst umfangreiche 3D-Proteindatenbank RCSB enthält nicht nur Informationen, sondern auch 3D-Darstellungen (Tipp: Einstellungen bei Style und Color erlauben rasche Analyse)

UniProt ist eine umfangreiche Sammlung von Proteinsequenzen und -informationen.

Stammbäume erstellen

Ziemlich einfach funktioniert die Treeview-Website zur Baum-Darstellung aus newick- oder alignment-Daten.

Für ein Darstellungsprogramm für Bäume aussergewöhnlich, funktioniert icyTree als Website und mit drag&drop.